Ngày 22 tháng 5 năm 2011, Bùi Văn Phương trúng cử Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa 13 nhiệm kì 2011-2016 ở đơn vị bầu cử số 2 tỉnh Ninh Bình, gồm huyện Kim Sơn, huyện Yên Khánh, huyện Yên Mô và thị xã Tam Điệp đạt tỷ lệ 84,34% số phiếu hợp lệ.[1].

Lúc này ông đang là Ủy viên Ban chấp hành Đảng bộ tỉnh Ninh Bình, Phó Trưởng ban Ban Tổ chức Tỉnh ủy Ninh Bình.[5]

Ông là Tỉnh ủy viên, Ủy viên Ủy ban Kinh tế của Quốc hội Việt Nam khóa 13, Phó Trưởng Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Ninh Bình khóa 13.

Đề xuất trưởng khoa Mac - Lenin mang quân hàm thiếu tướng

Ngày 6 tháng 11 năm 2014, khi thảo luận về dự thảo Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Sĩ quan Quân đội Nhân dân Việt Nam (Luật Sĩ quan Quân đội), trong khi nhiều sĩ quan quân đội đề nghị giảm trần cấp tướng, thì Bùi Văn Phương đề xuất trưởng Khoa Mac - Lê Nin trong Học viện Quốc phòng (Việt Nam) nên có quân hàm thiếu tướng, để thế lực xấu không xuyên tạc phai nhạt lý tưởng Mác - Lê Nin.[6]